В настоящее время в залах первого этажа проходит временная выставка "Портреты коллекционеров. Западноевропейское и русское искусство из частных собраний Москвы", приуроченная к 100-летию ГМИИ им. А.С. Пушкина. В связи с этим ряд произведений из постоянной экспозиции первого этажа можно видеть в залах второго этажа и галереи.

В залах второго этажа представлен ряд разноплановых собраний, включающих произведения живописи, графики, скульптуры и декоративно-прикладного искусства от XV до начала XX века.

Ряд залов занимает коллекция русского и западноевропейского искусства инициатора создания Музея личных коллекций И.С. Зильберштейна, включающая работы таких известных мастеров как И.Е. Репин, И.И. Шишкин, А.Н. Бенуа. Знакомство с русской живописью XIX века продолжается в экспозиции собрания С.В. Соловьева. Значительный интерес представляют коллекция художественного стекла супругов Ф.В. и Е.П. Лемкуль и собрание декоративно-прикладного искусства их близкого друга Е.М. Макасеевой. По анфиладе залов располагается станковая анималистическая пластика, принадлежавшая Е.Я. Степанову. Кроме того, в залах можно видеть произведения русской иконописи из коллекций старосты старообрядческой общины М.И. Чуванова и художницы Т.А. Мавриной.

Галерея третьего этажа наряду с атриумом является наиболее подвижной частью экспозиции Отдела личных коллекций. Пространство этих залов часто используется при проведении временных выставок или служит для экспонирования коллекций из фондов Отдела. На третьем этаже располагается также медиацентр, в котором проходят лекции, встречи, просмотры кинофильмов.